我が家のCX-3の走行距離も3,000kmを超えました。
CX-3に搭載されているマツコネ（ナビゲーション用SDカードPLUS）については、以前にも書いた通り「値段を考えれば満足」という感想に変わりはありませんが、もうちょっと良くなれば・・・ということも見えてきました。
マツダはデミオの一部を除き、全てのオーナーにマツコネを強制するわけですから、市販のナビで出来ることは粗方できるようにしないと、「なんでマツコネ強制なの」と言われ続けることになります。
というわけで、細かい点も含めて、私がこれまでに気になった点を纏めてみたいと思います。

3D画面でも一方通行情報を表示できるようにして欲しい

ナビを3D画面にしていると一方通行情報が表示されません。マニュアルを見ても「2D画面時限定」等の条件は書かれていないので、バグなのでしょうか。早急に改善を望みます。

探索条件選択時の無駄な操作手順を減らして欲しい

家の周りに有料道路が複数あることもあって、「一般道路優先案内」を頻繁に使用します。マツコネでは、①目的地を設定したのち、②再度メニューを開いて、③探索条件選択ボタンを押し、④さらに何故かもう一度コマンダーをクリックした上で⑤探索条件を選択する必要があります。
④の手順は完全に無駄です。今すぐ改善してほしいと思います。
更に言うなら、①の時点で、探索条件を選択した上で目的地を設定するようにしてほしいものです。

駐車場の入口までナビをして欲しい

値段を考えれば文句は言えませんが、長期的には改善されると良いですね。

DSRC無しでも渋滞考慮ルートを引いて欲しい

マツコネは、DSRC無しだと渋滞考慮ルートを引いてくれません。また、そもそも、DSRCは高速道路情報の入手用のものなので、一般道の渋滞回避には全く意味がないと思われます。
スマートループ対応は無理かもしれませんが、スマートループを利用していないイクリプスのナビでも、過去の渋滞データ等を用いて渋滞考慮ルートを引くことができます（リルートにはVICSユニットが必要）。最低限これくらいは対応してくれるとありがたいです。

オーディオ設定項目を充実させて欲しい

音質で設定できるのは3バンドEQとフェーダーのみ。せっかくBOSEを付けているのに台無しです。タイムアライメントも欲しいですね。
というか有無も言わさず純正オーディオを強制させるんだったら、タイムアライメントの設定くらいプリセット（運転席、助手席、フロント、全体くらい）で入れられるとおもうし、それだけで印象がかなり違うと思うんですが（ハード的に無理なのでしょうか）。

ナビ画面以外を表示している時に、割り込み案内をして欲しい

マツコネはナビ・オーディオ機能以外に、マルチインフォメーションディスプレイ機能を兼ねています。CX-3にはインパネ内にマルチインフォメーションディスプレイがありませんので、i-Eloopの残量や平均燃費の推移を確認するにはマツコネで表示するしかありません。
ただし、マツコネは、ナビ画面以外を表示中に案内が必要なポイントに差し掛かってもナビ画面に切り替えてくれません（多くの国産ナビは、目的地を設定した状態であれば、ナビ画面以外を表示していても、交差点等の前ではナビ画面に切り替えるように設定することができます）。
必要な時だけナビ画面に切り替わってくれるのであれば、常時i-Eloop画面等を表示したいのですが、手動で切り替えせざるを得ないので、結局はナビ画面固定で使っている次第です。

ナビとアプリケーション画面の同時表示をできるようにして欲しい

上記と同様の理由です。ナビ画面を表示しつつ、どこかにi-Eloopの残量、平均燃費の推移等を表示できると尚良いという趣旨です。
というか、マルチインフォメーションディスプレイを省いた時点でこれくらいは気を回して欲しかったと思います。致命的な問題ではないですけど。